Covid: le pic de la 5e vague se dessine déjà dans les égouts
SCIENCE - Il est attendu, mais tarde à se dévoiler. Alors que les modèles de l’Institut Pasteur estiment que le pic des cas de la cinquième vague de Covid-19 devait être atteint autour de la mi-janvier, les contaminations continuent de battre...
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SCIENCE - Il est attendu, mais tarde à se dévoiler. Alors que les modèles de l’Institut Pasteur estiment que le pic des cas de la cinquième vague de Covid-19 devait être atteint autour de la mi-janvier, les contaminations continuent de battre des records, selon les derniers chiffres disponibles.
On voit tout de même, de manière générale, que la hausse est de moins en moins soutenue partout en France. Le coronavirus évolue même à la baisse dans une quinzaine de départements, selon les données de dépistage (voir nos cartes et courbes du Covid-19 pour plus de détails). Mais le taux de positivité continue de grimper. Alors, cette baisse du nombre de cas pourrait-elle être simplement due à un plus faible dépistage?
S’il faut se garder d’affirmations péremptoires face à une pandémie qui nous a si souvent surpris, il y a lieu de penser que le pic se profile bien. Un indicateur de suivi du Covid-19 moins connu peut nous éclairer sur ce sujet: l’analyse des eaux usées.
Tendance à la baisse
Dès les débuts de la pandémie de Sars-Cov2, des chercheurs français ont tenté de suivre l’évolution de la situation sanitaire en analysant la concentration de virus présente dans les égouts. Le virus étant excrété dans les selles, il est possible, via des ultracentrifugeuses, de vérifier la concentration en particules virales présente dans les eaux usées.
Cette méthode a donné lieu à un réseau de surveillance, Obépine, qui analyse chaque semaine la situation dans plus de 180 stations de traitement. “La semaine passée, nous avions 24 stations en augmentation, cette semaine, il n’y en a plus que 11”, explique au HuffPost Yvon Maday, professeur de mathématiques appliquées à la Sorbonne et cofondateur du réseau Obépine.
“On est passé de 14 stations en baisse à 36 et 117 ont des niveaux stables. De manière générale, 75% des stations sont stables ou en baisse”, complète-t-il.
Pour s’en rendre compte, il suffit de comparer deux cartes de France créées par les chercheurs. La 1ère montre l’évolution au 13 janvier dans chaque station sur 30 jours de la concentration en coronavirus dans les eaux usées. La seconde analyse cette évolution sur 7 jours.
Un suivi de la vague en amont
“De manière générale, toutes les hausses restantes sont moins explosives”, analyse Yvon Maday. L’intérêt de cette ”épidémiologie des eaux usées” est double. D’abord, elle est rapide. Quand on est contaminé, on excrète dans nos selles le virus très vite. Pour prendre le temps de regarder le détail, vous pouvez passer d’une carte à l’autre dans la visualisation ci-dessous (ou aller sur le site d’Obépine pour consulter les cartes détaillées par région). À gauche, l’évolution sur 30 jours, à droite, celle sur 7 jours.
Cela permet donc de voir des évolutions dans l’épidémie avec un temps d’avance sur les autres indicateurs. “Il y a une avance nette sur les indicateurs hospitaliers, mais il nous semble que nous gardons également de l’avance sur le dépistage individuel, environ deux ou trois jours”, précise le chercheur.
L’autre intérêt, c’est que la concentration en coronavirus des eaux usées ne dépend pas de la capacité de dépistage. Il n’y a donc pas de risque d’un biais lié au nombre de tests effectués.
Évidemment, d’autres biais sont possibles, car ce calcul des concentrations est compliqué. “On sait par exemple que le variant Omicron pénètre différemment dans notre corps et ne cible pas les mêmes zones. Il se pourrait que cela entraîne une diminution de l’excrétion dans les selles”, note ainsi Yvon Maday.
Omicron avant l’heure
Mais l’analyse des données récoltées ces dernières semaines semble indiquer qu’il n’y a pas de modifications de ce type. Il y a aussi des “rattrapages” pour corriger des erreurs de relevés, “mais les tendances sont fiables: quand on voit une baisse, son niveau sera peut-être quelque peu modifié après coup, mais la baisse restera”, rassure Yvon Maday.
Reste maintenant à voir si cette tendance va bien se confirmer et, surtout, si la baisse sera durable, afin de réellement sortir de la cinquième vague. Quoi qu’il en soit, l’analyse des eaux usées sera très utile pour suivre l’évolution de l’épidémie dans les mois à venir, car le coronavirus ne va pas disparaître du jour au lendemain.
D’ailleurs, il est possible avec cette méthode de vérifier également la présence de variants spécifiques sur le territoire. Soit via un séquençage très complexe, soit via une technique similaire au criblage des tests PCR des cas positifs.
Ainsi, le réseau Obépine a pu “détecter Omicron dans les égouts de Paris avant l’annonce des 1ers cas”, rappelle Yvon Maday. Une analyse qui s’est poursuivie quelque temps mais a été arrêtée récemment, faute de financements.
En effet, le réseau Obépine est censé laisser sa place à “Sum’eau”, un organisme national confié à la Direction générale de la Santé, avec le soutien de Santé Publique France. Mais celui-ci tarde à se mettre en place. En attendant, Obépine a reçu trois mois de financement pour continuer son travail, mais sans plus de visibilité.
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